Het orgel in de Jacobikerk heeft een rijke geschiedenis. Al in 1509 was er sprake van een orgel, gebouwd door Gerrit Pietersz. De hoofdwerkkas van het huidige orgel is het enige deel dat hiervan is overgebleven. Van het oorspronkelijke snijwerk aan deze orgelkas is een aantal details in beschadigde vorm bewaard gebleven. De ornamentiek die het heden ten dage het orgel siert, werd in neo-klassieke stijl in 1823 aangebracht door Abraham Meere.

In de periode 1883 – 1911 verrichten de Utrechtse orgelbouwers J.F.Witte en J.de Koff restauratiewerkzaamheden en werden naar de muzikale smaak van die tijd, registers als Violon, Gamba en Vox-celeste op het orgel geplaatst, waarvoor op het hoofdwerk de Openfluit werd geofferd. Op het rugwerk verdwenen karakterestieke registers als Carillon, Flageolet, Sexquialter, Flute travers, Quint 11/3.

In 1978 voltooiden de Utrechtse orgelmakers de gebr.van Vulpen een grote algehele restauratie. Uitgangspunt van de restauratie werden de reconstrcutie van het het rugwerk te reconstrueren naar de situatie van 1823, en anderzijds de reconstructie van het hoofdwerk en de pedaal naar de situatie van 1750. In klankgeving van hoofdwerk en pedaal werd in grote lijnen de aangetroffen situatie gehandhaafd. Wel werden balgen ,windladen, register en speelmechanieken gerestaureerd en konden de oude Garrelsklavieren, die ondanks vervanging in 1911 nog bewaard waren gebleven, weer herplaatst worden.

Klankherstel van het Orgel in 1996/1997, door de orgelmakers de gebr. Van Vulpen. Op basis van gegroeide kennis van historische klankgeving, was het anno 1997 verantwoord om een herintonatie van het pijpwerk van het hoofdwerk en pedaal te doen plaats vinden.Ook werden correcties in klankgeving van het rugwerk uitgevoerd.

Bron: Het Garrels-Meere orgel in de Jacobikerk te Utrecht (bijdrage adviseur P.van Dijk). Uitgave: Heringebruiknemingscommissie Jacobi-orgel, 1997.

In 2005 heeft Gerrit Christiaan de Gier (1962) organist Theo Teunissen opgevolgd die sinds 1978 de vaste bespeler van het Jacobi-orgel was. Gerrit Christiaan de Gier studeerde aan het Utrechts Conservatorium bij Nico van den Hooven en Jan Welmers.  Hij behaalde de diploma’s docerend musicus en uitvoerend musicus "met onderscheiding" in 1987. Aan het Nederlands Instituut voor Kerkmuziek slaagde hij voor het examen kerkmuziek met vermelding van een grote mate van creativiteit voor improvisatie. Bij Jan Raas en Jan Welmers studeerde hij improvisatie. Verder nam hij deel aan internationale interpretatiecursussen aan de Haarlemse Zomeracademie bij Martin Haselböck, Daniel Roth en Gisbert Schneider en aan de Internationale Meisterkurze für Musik te Zürich bij Jean Guillou. In Parijs ontving hij privé-lessen van Jean-Paul Imbert. In 1982, nog tijdens zijn opleiding, won hij de derde prijs van het Internationale Albert Schweitzer Orgelfestival in Deventer. In 1990 won hij de eerste prijs van de Internationale Orgeldagen Rijnstreek te Nijmegen. Gerrit Christiaan de Gier heeft een breed repertoire en verleende aan tal van radio-uitzendingen en speciale projecten zijn medewerking. Vermeldenswaard is de integrale uitvoering van de orgelwerken van Johann Sebastian Bach op het Van Vulpen-orgel in de Oude St. Nicolaaskerk te IJsselstein(Utr.), waarvan hij vele jaren de vaste bespeler was. Hij heeft een uitgebreide lespraktijk en is tevens docent kerkorgel aan Kunstpuntgouda, afdeling Muziek te Gouda. Ook neemt hij regelmatig zitting in beoordelingscommissies. Momenteel is hij organist van de Jacobikerk te Utrecht. 

In de Jacobikerk zijn verkrijgbaar:
De uitgave Heringebruikneming van het Garrels/Meere-orgel in de Jacobikerk 1997.