Als bijzondere vorm van vroomheid liet in de 15de eeuw in Utrecht een aantal kluizenaressen zich voor het leven inkluizen. De bekendste was Suster Bertken (1427-1514), die in het koor van de Buurtkerk woonde. Zij schreef beroemde gedichten en voorzag haar bezoekers van praktische en geestelijke adviezen. Zelfs het Utrechtse stadsbestuur raadpleegde haar regelmatig.

Rond 1400 was het aantal parochianen van de Jacobikerk zodanig toegenomen dat de kerk hoognodig moest worden uitgebreid. Onder leiding van bouwmeester Willem van Boelre, ook betrokken bij de bouw van de Dom- en de Buurkerk, werden de zijbeuken verbreed en deels verhoogd. Waarschijnlijk werd toen ook de kluis in de zuidwestelijke dwarsschippijler gebouwd. In dit "huysgen in die pyleerne", een ruimte van nauwelijks één bij twee groot, sleet de kluizenares Alyt Ponciaens haar levensdagen. Over haar leven is niets bekend.

Na 1700 was de kluizenaar bijna geheel verdwenen uit het kerkelijke leven. Helaas zijn niet veel kluizen bewaard gebleven, zij werden gewoonlijk na het overlijden van de bewoner afgebroken. Zo gebeurde het ook in de Jacobikerk, de gebruikers van de naastgelegen Andreaskapel kregen toestemming om de kluis tot sacristie te verbouwen. Dit heeft de kluis gered van afbraak. De Jacobikerk is de enige kerk in Nederland met een grotendeels intact gebleven kluis onder haar dak.