De Jacobitoren huisvest sinds 1992 vijf klokken. De grootste klok, ca. 4000 kg, is tevens de oudste. Ze werd door de Utrechtse klokkengieter Steven Butendiic in 1479 vervaardigd en werd aan “Christus Salvator” gewijd. Tot 1992 hingen hierbij enkele klokken die eigenlijk afkomstig waren uit enkele andere kerktorens in Utrecht, waaronder de Buurtoren. Daar deze klokken rond 2002 terugkeerden naar de Buurtoren, werd er ter vervanging van deze klokken naar andere klokken omgekeken.
Als eerste werden de drie uit het begin uit de jaren 50 van de vorige eeuw daterende klokken aangekocht van de toen net gesloten katholieke Johannes de Doperkerk kerk van Hoograven (Utrecht-noord). Ze waren vervaardigd in de gieterij van Petit & Fritsen te Aarle-Rixtel (NB) en gewijd aan resp. Maria, Johannes de Doper (“Baptist”) en Jozef. Tussen de oude Salvatorklok en deze drie veel jongere Petit & Fritsen-klokken zat echter een muzikaal gat. Om dat “gat te dichten” moest een nieuwe klok worden vervaardigd. De verzekeringsmaatschappij UBO-Verzekeringen sponsorde deze nieuwe klok in 1992. Ze werd aan de apostel Jacobus de Meerdere (de naamgever van het kerkgebouw) opgedragen en in Asten door klokkengieterij Eijsbouts vervaardigd.

Het geluid van de Jacobikerk in cijfers:
SALVATOR gewicht 4000 kg, klinkend met toon A nul, gietjaar 1479.
Deze klok wordt hoofdzakelijk op (kerkelijke en andere) hoogfeestdagen met de andere klokken samen geluid. Bij begrafenisdiensten en de met de Dodenherdenking luidt de klok alleen.

JACOBUS gewicht 2250 kg, klinkend met toon C 1, gietjaar 1992.
Deze klok luidt voorafgaand aan alle kerkdiensten op zondag in combinatie met enkele -soms alle drie- de Petit & Fritsenklokken. Op zondagmiddag is deze klok altijd solo te horen.

MARIA gewicht ca. 950 kg, klinkend met toon F 1, gietjaar 1954.

BAPTIST gewicht ca. 730 kg, klinkend met toon G 1, gietjaar 1953.

JOZEF gewicht ca. 450 kg, klinkend met toon A 1, gietjaar 1954.

Zoals eerder vermeld, luiden deze klokken in wisselende combinaties of alle drie, samen met Jacobus voorafgaand aan alle reguliere kerkdiensten.

Huwelijksdiensten worden altijd voorafgegaan door het luiden van alleen deze drie klokken.