De Jacobikerk hoort niet thuis in de lange rij kloosterkerken

die Utrecht rijk is, maar is een middeleeuwse parochiekerk, die mogelijk al eind 10de eeuw gesticht werd in een wijk langs de rivier de Vecht. Van die oorspronkelijke, romaanse kerk, is niets meer over.

De huidige gotische kerk dateert in zijn vroegste vorm uit het eind van de 13^de eeuw. In de 14^de en 15^de eeuw is ze herhaalde malen veranderd en uitgebreid. Opmerkelijk zijn de voor deze periode typische sleutels met motieven in de kruisgewelven.

Rond 1580 voltrok zich de reformatie in Utrecht en in 1586 werd de kerk overgedragen aan de calvinisten. Het interieur veranderde sterk: heiligenbeelden en altaren werden verwijderd en muurschilderingen verdwenen onder de witkalk.

In de loop van vier eeuwen zouden tal van beroemde predikers het preekgestoelte beklimmen. Na Hubert Duifhuis waren dat onder meer de grootste rechtzinnige calvinist van de 17de eeuw, Gijsbertus Voetius (in de jaren 1619-76), de schrijver van de Camera Obscura, Nicolaas Beets (1854-74) en de leider van de neo-calvinisten Abraham Kuyper (1867-70).